如何补偿已纳入城市规划区的农村集体土地房屋

对此问题，《规定》第十二条第二款规定，征收农村集体土地时未就被征收土地上的房屋及其他不动产进行安置补偿，补偿安置时房屋所在地已纳入城市规划区，土地权利人请求参照执行国有土地上房屋征收补偿标准的，人民法院一般应予支持，但应当扣除已经取得的土地补偿费。

因为土地性质不同，征收集体土地上房屋的补偿不能直接适用《国有土地上房屋征收与补偿条例》，但由于房屋所在的土地已经城市化，如果按照农村集体土地补偿，会无法保障农民的权益。因此，可以参照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的补偿标准予以补偿。由于国有土地上房屋征收补偿中实际上已经包含了地价，如果征收农民集体土地时已经对土地进行了补偿，那么按照国有土地上房屋征收补偿标准对其补偿时，应当扣除已经取得的土地补偿费。